A Ilha de Bom Jesus é, sem dúvida, um exemplo raro de paisagem cultural, que congrega, numa porção estratégica do território, bens culturais de natureza material e imaterial, dentre os quais se destacam: sítios arqueológicos, edificações tombadas, ruínas históricas, monumentos naturais, paisagens de feição notável e de beleza cênica, além de um grande acervo de relevância ecológica e científica, os quais fazem parte do conceito de patrimônio cultural brasileiro.
O acervo ambiental da Ilha é constituído por um conjunto de árvores centenárias, entre frutíferas, palmeiras imperiais, pau-brasil, carvalho e outra espécies inclusive de mata atlântica. O ecossistema contém grande variedade de aves, tais como socós, saracuras, sabiás, sanhaço, corujas, falcões etc, sendo ainda, freqüentemente usado para o pouso de aves migratórias. Existe ainda inúmeras espécies marinhas, por tratar-se de baía, sendo usado como berçário para caranguejos, tartarugas, siris, etc. Além se espécies terrestres tais como gambás, sagüis, lagartos, jibóias, jararacas e demais ofídios.
Assim, a Ilha de Bom Jesus deve ser compreendida dentro do contexto natural e histórico que a circunda. Nesse sentido, a referida Ilha deverá ser incluída entre os sítios de relevante interesse paisagístico e ambiental, definidos no Artigo.117 da Lei Complementar 111/2011.